吐鲁番有两座中国现存最完整的古城遗址，1961年被列为首批全国重点文物保护单位，分别是高昌故城和交河故城，被称为吐鲁番盆地中一对风格不同的“姐妹城”。它们在经历了几千年的风风雨雨后，如今虽然只留下断壁残垣，然而当年高耸的城墙依然气势恢弘，深陷的护城河轮廓仍历历在目。
高昌故城位于吐鲁番以东45公里处的火焰山南麓，即木头沟河的三角洲地段，这座驰名中外的西域古都，曾先后为麴氏高昌王国和回鹘高昌王国的都城，历尽繁华，曾是古丝绸之路的必经之地和重要门户。
高昌故城，维吾尔语中称为“亦都护城”，也就是“王城”的意思。《北史"高昌传》中称它因“地势高敞，人庶昌盛”而得名高昌。
据历史记载，高昌故城始建于公元前1世纪的西汉。当时称为“高昌壁”或“高昌垒”，汉、魏、晋历代都曾在此设立“戊己校尉”，管理屯田，抵御匈奴，故又名“戊己校尉城”。公元327年，前凉张骏在此设置高昌郡，开创了西域郡县制的先河。高昌建国是在公元460年(北魏和平元年)，车师国灭亡，柔然立阐氏伯周为王，称其国为高昌国，从而掀开了高昌王国的序幕。南北朝时期，这里诸王争霸，但国号仍为“高昌”。公元604年，唐贞观年间，高昌王勾结西突厥截断丝绸之路，唐太宗派人平定了高昌王国，将高昌改称“西州”。公元9世纪末，由漠北西迁到此的回鹘人建立了回鹘高昌国，仍臣属中原王朝，史称“西州回鹘”或“高昌回鹘”。1208年，高昌回鹘则顺成吉思汗，称“畏兀儿王国”。1283年，高昌城毁于战火，高昌回鹘王国灭亡，至此，高昌城被废。
2004年9月游览高昌古城
交河故城位于吐鲁番市西10公里的雅尔湖乡。交河系车师人所建，建筑年代早于秦汉，距今已有两三千年。车师又称为姑师，是最早生活在这里的原始居民。公元前108年(汉元帝元封三年)，汉将赵破奴攻破姑师，分立车师前、后国，交河就是车师前国的国都。公元450年，车师前国被北凉所灭。车师前国灭亡后直至唐初，交河一直是历代高昌王国辖下的交河郡治。唐太宗派兵灭高昌王国后，在此设交河县，并于贞观十四年(公元640年)在交河故城设置了安西都护府，交河城成了西域军事要塞。公元8世纪中叶至9世纪中叶，交河城曾一度为吐蕃人所据。后又成为回鹘高昌王国属地，设交河州。公元13世纪下半叶，西北蒙古贵族发动战争，率领铁骑12万进攻交河，交河城损失惨重。1383年，交河城在战火中消亡。
从时间上来看，交河故城比高昌故城的历史要悠久得多，高昌故城是公元前1世纪建立的，而交河故城早在原始社会时期就有先民在此生活，从故城中发掘出的残存陶片，即可证明车师人已从原始狩猎、采集的生活方式逐步过渡到定居和农业生产的基本格局。
2006年7月游览交河古城